Tawaran beasiswa sarjana (S1) ke Universitas Al-Azhar Mesir kembali dibuka untuk 2012/2013. Beasiswa ini merupakan bentuk tindak lanjut kerjasama pemerintah Indonesia dan Mesir selama ini. Selain beasiswa di Al-Azhar, juga tersedia beasiswa di Universitas Afrika Internasional Khartoum dari pemerintah Sudan untuk jenjang yang sama. Di Sudan, beasiswa diberikan untuk bidang studi pada Fakultas Syari'ah, Fakultas Tarbiyah dan Adab, Fakultas Ekonomi, Diploma Tarbiyah, Fakultas Teknik, dan Fakultas Kedokteran.
Bagi calon mahasiswa Indonesia ke Mesir, Kementerian Agama akan melakukan penyeleksian dengan menguji kemampuan akademik, hafalan/bacaan Al-Qur’an dan bahasa Arab, baik untuk program beasiswa maupun non beasiswa sesuai dengan ketentuan yang diberlakukan oleh Universitas Al-Azhar Mesir.